当企业用户对几家不同的许可类软件厂商提供的产品进行比较时，对于某些没什么含意的成本，它采取的态度通常是漠视、忽视甚至藐视，因为所有厂商也无一例外地采取同样的态度。但是，在将许可类软件和SaaS进行比较时则不能大意，这中间没有什么犯错误的余地。
延期成本是常规许可类软件中存在的一个常见问题。它也就是由于新产品推迟发布或者厂商的软件不能提供客户所需的体验而产生的成本。另外一个普遍存在的问题是：企业初次部署应用软件，未能成功优化周边业务流程，在这种情形下，可能需要通过人工操作，以弥补软件缺陷，但成本高昂。
TCO比较应包括如下内容
升级。对于许可类软件，厂商所发布的相关软件，无论是主要的还是次要的，用户通常都得为之付费。而采用SaaS模式，升级是嵌在使用成本里的。
向新应用软件的转化。采用SaaS模式，通过应用程序和开放的、公开发布的应用编程接口(API)，可以简化这一问题。因为在此模式下，数据的输入输出都相对容易，也无需厂商给予太多的帮助。相形之下，传统的点集成(Point Integration)和中间件模式，都会产生附加成本，企业同时也需要厂商予以大力协助。
厂商管理。使用许可类软件，厂商关系的维护是通过采购、签订合同以及企业领导层的沟通等来实现的。而采用SaaS模式，可极大地降低厂商管理的复杂性。
各种费用。其他成本还与行政管理、潜在许可以及日常活动相关，后者包括参与行业会议、进行市场分析的成本以及日常开销。
虽然有些成本被经常计入TCO，但时常也会被忽视，而这往往会损害SaaS与许可类软件进行TCO比较的结果。比如说，为了优化许可类应用软件在用户自身IT基础设施中的作用，企业组织需要学习并不断补充相关知识，这也会产生相应的成本。其他经常被忽视的成本还包括了与测试、业务连续性以及合规相关的费用。
尽管如此，SaaS并非总是组织的合适之选。在许可类软件和SaaS之间进行选择，与决定到底是买还是租辆汽车近似。对于每年要驾车行驶5万英里的司机而言，从长期看，下决心买辆车要比租划算。与此近似，有大量定制化需求的组织可能会发现，SaaS远非理想之选。对厂商而言，尽管SaaS解决方案可以设置，但只有当所有客户都将之选作标准企业应用，才能体现出规模经济效益。定制化尽管不是什么坏事，但却提升了TCO;同时，维护难题也会相伴而生，而且将来升级起来也麻烦。
对于拥有交易密集型流程或者大型存储需求的组织而言，SaaS可能并不适合。还有一个不适合选用SaaS的领域可能是那些处于高度竞争市场之中的公司。由于机会近在眼前，应用标准产品可能是任何追求与众不同的组织所关心的。“绝不能将你的基础设施的‘一砖一瓦’都运营于SaaS之上，”克莱默表示，“但是，采用SaaS模式，我们可专注于运营自己的核心产品及特有业务。”
最后，对于那些销售团队需要频繁出差的公司而言，在迁移至SaaS解决方案之前，还需要仔细考虑网络连接性问题。这是因为托管模式有赖于宽带互联网来实现应用特性的按需推送。
除了上述几点之外，多数CIO还应该至少对SaaS模式的经济收益进行考察。成功的CIO在满足日益增长的业务需求的同时，还能在管理固定或不断缩小的预算方面有创新之举。如此说来，虽然SaaS可以成为极有用的工具，但前提是要对之进行恰当的评估。
